Kolejnym etapem instalacji PostgreSQL jest inicjalizacja klastra bazodanowego. Od użytkownika przeprowadzającego instalację etap ten wymaga wprowadzenie nazwy użytkownika (superuser name) i hasła dla wewnętrznego użytkownika bazy danych. Choć domyślnie podpowiadaną nazwą użytkownika jest również postgres, nie należy jej mylić z nazwą konta (account name) systemu Windows: są one niezależnymi od siebie elementami i nie są ze sobą tożsame. Jako system kodowania (Encoding) należy wskazać WIN1250.

Inicjalizacja klastra bazodanowego nie jest konieczna, jeżeli na komputerze, na którym przeprowadzana jest instalacja, znajduje się już klaster bazodanowy utworzony podczas instalacji PostgreSQL o głównym numerze tożsamym z numerem głównym wersji aktualnie instalowanej. Numer główny jest pierwszym numerem wersji, np. numerem głównym wersji 8.0.3 i 8.0.1 jest 8.

Ilustracja 1.3. Inicjalizacja klastra bazodanowego